化学肥料只有在合理施用的情况下才能达到增产的目的。如果化肥施用不适时或施用方法不当，常常会导致作物减产，这就是常说的肥害。
　　脱水型肥害　主要是因为一次性施用化肥过多，或者在土壤水分不足，施肥后土壤内肥料溶液浓度过大，引起农作物细胞内水分反渗透，造成作物脱水。受肥害的植物表现萎蔫，似霜冻或开水烫的一样，轻者影响生长发育，重者全株死亡。
　　熏伤型肥害　主要是施用氨水、碳酸氢胺等肥料，这类化肥在气温较高时施用，容易产生大量的氨气，对农作物造成伤害，轻者使下部叶尖发黄，影响生长发育，重者使全株赤黄枯死。
　　烧种型肥害　施用种肥用量过多，或者用过磷酸钙，或用碱性易挥发的碳酸氢铵以及尿素、石灰氮等化肥拌种，常常会出现烧种，导致缺苗。另外，在进行叶面施肥时，使用的浓度过大，也会造成叶片烧伤。
　　毒害型肥害　有些化肥如石灰氮是一种有毒肥料，施入土壤后，要经过一系列的转化才能被植物吸收，但在转化过程中会产生一些有毒物质毒害农作物，使其受害或死亡。因此，在施用肥料时要严格控制施用量，安全合理使用化肥。